NGS módszerrel végzett génpanel vizsgálatok bevezetése lymphoid és myeloid hematológiai malignitásokban

Kedves Kollégák!

A DE KK Laboratóriumi Medicina Molekuláris Onkológia Részlege 2022. február 01-től NGS módszerrel végzett génpanel vizsgálatokat vezet be lymphoid és myeloid hematológiai malignitásokban.

1. Lymphoid génpanel

Krónikus lymphoid leukémiában (CLL) a rutin diagnosztikában alkalmazott célzott génvizsgálatok (TP53, IGHV) mellett egyre nagyobb szerepe van a génpanelek alkalmazásának. A kedvezőtlen prognosztikai értékkel és prediktív szereppel is bíró TP53 génmutációk mellett számos egyéb, klinikailag releváns gén visszatérő mutációja fordul elő CLL-ben. Egyes génmutációk (NOTCH1, SF3B1) kedvezőtlen klinikai lefolyást, rövidebb túlélési időt eredményeznek a hagyományos kemoimmunoterápia alkalmazása során, emellett terápiát befolyásoló hatásuk is lehet (pl. NOTCH1-CLL). Az általunk bevezetésre kerülő lymphoid génpanel a CLL mellett egyéb B-sejtes malignitásra jellemző, prognosztikai vagy prediktív jelentőségű gént is tartalmaz (BRAF-HCL; MYD88-WM; CXCR4-MM). Az új generációs szekvenálás lehetővé teszi ezen gének egyidejű vizsgálatát. A módszer nagy érzékenysége miatt a betegség lefolyását befolyásoló, a relapszus rizikóját fokozó szubklonális eltérések is azonosíthatók.

A lymphoid génpanelben vizsgált gének: ATM, BCL2, BIRC3, BRAF, BTK, CARD11, CXCR4, FBXW7, KRAS, MYD88, NOTCH1, NRAS, PIK3CA, PLCG2, POT1, SF3B1, TP53, XPO1

A vizsgálat indikációja: Krónikus lymphoid leukémia (CLL), köpenysejtes leukémia (MCL), hajas sejtes leukémia (HCL), myeloma multiplex (MM), Waldenström macroglobulinémia (WM).

A vizsgálat elve: A panel génjeinek kódoló régióit és exon/intron határait (+/-5 nukleotid) új generációs, bidirekcionális DNS szekvenálással vizsgáljuk Illumina NextSeq vagy MiSeq készülékekkel. A könyvtárkészítést Twist Custom Panel kit (Twist Bioscience) alkalmazásával végezzük, a szekvenálást min. 1000-szeres lefedettségi kritériummal. A bioinformatikai analízis a NextGENe szoftver alkalmazásával történik. A leletben az ≥5 %-os variáns allélfrekvenciájú (VAF) variánsok kerülnek közlésre. A variánsok klasszifikációja az ACMG irányelv szerint történik mutációs adatbázisok (COSMIC, ClinVar, VarSome Seshat, IARC) használatával.

Mintatípus: 1 db EDTA-val alvadásgátolt csontvelő/perifériás vér

Vizsgálatkérés: Az UD MED rendszerben a KIZMONK kérőlapon „Lymphoid génpanel” megjelölésével.  

Ismételt vizsgálatkérés esetén javasolt a laboratóriummal való egyeztetés.

Eredményközlés: 6 héten belül

A vizsgálat pontértéke: 212 076 pont

A vizsgálatkéréssel kapcsolatban felmerülő kérdések esetén kérjük forduljanak Dr. Ujfalusi Anikó részlegvezetőhöz (56559 mellék).

Irodalom:

1. Mod Pathol. 2021 May;34(5):904-921. doi: 10.1038/s41379-020-00720-7. PMID: 33311649.

3. Haematologica. 2021 Mar 1;106(3):682-691. doi: 10.3324/haematol.2019.234716. PMID: 32273480.

2. Myeloid génpanel

A myeloid malignitások (AML, MDS, MPN) kialakulásáért felelős szomatikus mutációk diagnosztikai, prognosztikai és terápiás jelentőségük révén elősegítik a myeloid malignus kórképek klasszifikációját, pontosítják a betegek prognosztikai besorolását, bizonyos esetekben célzott terápiára adnak lehetőséget. A molekuláris markerek vizsgálata a nemzetközi ajánlások (WHO 2016, ELN, NCCN) része. A klinikailag jelentős génmutációk kimutatása a diagnózis vagy relapszus idején, valamint refrakter betegség esetén javasolt. Az új generációs szekvenálás révén egyszerre sok gén mutációs státusza vizsgálható, ami megkönnyíti a genetikailag heterogén leukémiák génmutációinak egy lépésben való kimutatását. A módszer nagy érzékenysége miatt a betegség lefolyását befolyásoló szubklonális eltérések is felismerhetők.

A myeloid génpanelben vizsgált gének: ABL1, ACD, ANKRD26, ASXL1, BCOR, BRAF, CALR, CBL, CEBPA, CSF3R, CUX1, DDX41, DNMT3A, ERCC6L2, ETNK1, ETV6, EZH2, FLT3, GATA1, GATA2, GNAS, GNB1, IDH1, IDH2, IKZF1, JAK2, KDM6A, KIT, MPL, MYC, NF1, NPM1, NRAS, PDGFRA, PHF6, PRPF8, PTPN11, RAD21, RUNX1, SAMD9, SAMD9L, SETBP1, SETD2, SF3B1, SH2B3, SMC1A, SMC3, SRP72, SRSF2, STAG2, TERC, TERT, TET2, TINF2, TP53, U2AF1, WT1, ZRSR2.

A vizsgálat elve:

A panel génjeinek kódoló régióit és exon/intron határait (+/-5 nukleotid) új generációs, bidirekcionális DNS szekvenálással vizsgáljuk Illumina NextSeq vagy MiSeq készülékekkel. A könyvtárkészítést Twist Custom Panel kit (Twist Bioscience) alkalmazásával végezzük, a szekvenálást min. 1000-szeres lefedettségi kritériummal. A bioinformatikai analízis a NextGENe szoftver alkalmazásával történik. A leletben az ≥5 %-os variáns allélfrekvenciájú (VAF) variánsok kerülnek közlésre. A variánsok klasszifikációja az ACMG irányelv szerint történik mutációs adatbázisok (COSMIC, ClinVar, VarSome Seshat, IARC) használatával.

A vizsgálat indikációja:

Akut myeloid leukémia (AML), myelodysplásiás szindróma (MDS), krónikus myeloproliferatív betegségek (MPN).

Mintatípus: 1 db EDTA-val alvadásgátolt csontvelő/perifériás vér

Vizsgálatkérés:

Az UD MED rendszerben a KIZMONK kérőlapon „Myeloid génpanel” megjelölésével.  

Ismételt vizsgálatkérés esetén javasolt a laboratóriummal való egyeztetés.

Eredményközlés:6 héten belül

A vizsgálat pontértéke: 130 704 pont

A vizsgálatkéréssel kapcsolatban felmerülő kérdések esetén kérjük forduljanak Dr. Ujfalusi Anikó részlegvezetőhöz (56559 mellék).

Irodalom:

1. Life (Basel). 2021 Oct 30;11(11):1158. doi: 10.3390/life11111158. PMID: 34833034.

2. Mol Diagn Ther. 2020 Feb;24(1):1-13. doi: 10.1007/s40291-019-00443-9. PMID: 31848884.

Debrecen, 2022. január 27.

Dr. Kappelmayer János s.k.

egyetemi tanár

a Laboratóriumi Medicina igazgatója